2019年10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿(niào)病(bìng)研究领域(yù)取得重要进展。2型糖尿病(bìng)(T2D)的血管并(bìng)发症是导(dǎo)致(zhì)2型糖尿病致残致死的重要病因(yīn),一直缺乏一种无创便(biàn)捷的(de)临床途径实现血管并(bìng)发(fā)症的发生发展(zhǎn)监测,达到早发现、早干预,以提高(gāo)T2D病人的整体生活质(zhì)量,减少卫(wèi)生经济负担(dān)。
该研究入组了62例2型糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗传标志物5hmC的分布(bù)情况(kuàng)进行检测,分析5hmC标志(zhì)物与2型糖(táng)尿病(bìng)血管并发症发生(shēng)发展的相关性。结果表明(míng)5hmC标志物的变(biàn)化与(yǔ)T2D合并(bìng)大血(xuè)管/微(wēi)血管(guǎn)事件具有相关性,主要涉及(jí)一些与血(xuè)管生物学(xué)和糖尿病(包括胰岛素(sù)耐受(shòu)和炎症反应)相(xiàng)关(guān)的基因和信号通路。该研究建立的16个(gè)基(jī)因-5hmC标志(zhì)物(wù)组(zǔ)合检测(cè)可(kě)以准确(què)区(qū)分有并发症(zhèng)和无并发(fā)症的(de)2型糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优(yōu)于传(chuán)统临床变量例如白(bái)蛋(dàn)白(bái)尿。除此(cǐ)之外,还建(jiàn)立了13个基(jī)因-5hmC标志物组合(hé)检测,可以进一(yī)步(bù)区(qū)分T2D合并单(dān)一并(bìng)发症和多种(zhǒng)并发症(zhèng)[实验组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明(míng)显优于其他传统临床变量。该研究得出(chū)结论,5hmC标志物反映了T2D病人大血管/微血管并发症发生过程中的(de)表(biǎo)观遗传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技术在监测糖尿病血管并发症(zhèng)发(fā)生和进展方(fāng)面(miàn)具有良好的临床(chuáng)应用(yòng)前景。
试验设(shè)计(jì)
本研究共纳入62例2型糖(táng)尿病病人(rén),包括(kuò)没有血管(guǎn)并发(fā)症的(de)病(bìng)人12例,有(yǒu)单一血管并发症的病(bìng)人34例(24例发生(shēng)大血管事(shì)件,10例发生微血管事件),以及(jí)有多种血管并发症的病(bìng)人16例。试验(yàn)收集62例病(bìng)人(rén)血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获(huò)外周血cfDNA中的5hmC序列,进(jìn)行二代测序,通(tōng)过(guò)生(shēng)物信息学(xué)分析找出(chū)并发症组与无并发症组(zǔ)之间(jiān)有显著5hmC修饰差异(yì)的基因(yīn),单(dān)一(yī)并发症组和多种(zhǒng)并(bìng)发(fā)症(zhèng)组之间有显著5hmC修饰差异的基因。随后利用回归模(mó)型(xíng)对差异基因进一步筛选、优化,弹(dàn)性网络(luò)进一(yī)步筛选,计(jì)算加权平均分(fèn),最后得到(dào)一(yī)组具有高度灵(líng)敏(mǐn)度和特异性的5hmC生物标记(jì)物,并进一(yī)步在(zài)实(shí)验组中验(yàn)证,分析(xī)其(qí)灵敏度和特(tè)异性(xìng)。并将新建(jiàn)立的5hmC标志物基因组合的检测性(xìng)能与传统临床(chuáng)变量进行对比分析。最后对相关基因进行了(le)信(xìn)号通路分(fèn)析和功能探究。
5hmC修饰水平与血管(guǎn)并发症(zhèng)具有相(xiàng)关性
利用逻辑回归(guī)模型对62例有(yǒu)并发症和无并发症2型糖尿病(bìng)病人的5hmC差异(yì)水平进行(háng)分析发现,有(yǒu)并发症2型糖尿病(bìng)病人(rén)的622个差异修饰候(hòu)选基因(包括上调和下调基(jī)因)的(de)归一化平(píng)均数(shù)要明(míng)显高于无并发症的(de)病人(P<0.001),但(dàn)是单一并发症和多发并发症病人之间没(méi)有显著(zhe)差异。
之后将有单一并发症(zhèng)或(huò)多种并(bìng)发(fā)症的(de)50例病(bìng)人用逻(luó)辑回归模(mó)型进行了对比,发(fā)现多种并发症的(de)病人的153个差(chà)异(yì)修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归一化平(píng)均数要低于无并发(fā)症病(bìng)人(P<0.001)。
5hmC标志物可区(qū)分有(yǒu)无并发症(zhèng)患(huàn)者
62例2型糖尿病病人(rén)被随机分成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性网(wǎng)络筛选后(hòu)发现,16基因-5hmC标志物组合检(jiǎn)测可以用于(yú)区分有并(bìng)发症和(hé)无并发症的2型糖尿病病人。
基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平(píng)均分分析,发现无并发症病人(rén)的分(fèn)数在训(xùn)练(liàn)集和测(cè)试集中都(dōu)明显(xiǎn)低于有并发症的病(bìng)人。只考虑加权(quán)平均分(fèn)的话(huà),受试者工作特征曲线(xiàn)(ROC)分析表明将(jiāng)cutoff值设置成0.5时,在测试组中中(zhōng)的灵敏度为60%,特异性为100%。 5hmC标志物可区分病人是(shì)单一并发症还是多种并发症 50例有(yǒu)并发症(zhèng)的2型糖尿病病人被(bèi)随机分成训练(liàn)组(n=25)和(hé)测试组(n=25)。利用弹性(xìng)网(wǎng)络筛(shāi)选后发现,13基因-5hmC标(biāo)志物组合可(kě)以区分2型糖(táng)尿病病人是(shì)否发生单一并发症或多种并发(fā)症。 基于(yú)13基因(yīn)组(zǔ)合模型(xíng) (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多种(zhǒng)并发症的加权平均(jun1)分,发现在训练集和测试集中单一并发症和多种并发症病(bìng)人(rén)的分数都有明显(xiǎn)差异。值得一提(tí)的是,有(yǒu)肾病(bìng)并(bìng)发症和(hé)无肾病并发(fā)症病人的分数(shù)也有明显差异。利(lì)用加权平均分作为判断标准(zhǔn)的(de)受试者工(gōng)作特征曲线(ROC)表明,在(zài)测(cè)试组中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为(wéi)87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与传统临(lín)床(chuáng)变量/危险因子的对比(bǐ) 我们评估了不同临床变量(liàng)/危险(xiǎn)因子(zǐ)用(yòng)于监测血管(guǎn)并发症的灵敏度和(hé)特异性(见(jiàn)表1)。
总体(tǐ)来说,结果表明一些临(lín)床变量(如(rú)尿液白蛋(dàn)白、血清(qīng)ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽(suī)然具有(yǒu)一(yī)定的灵敏(mǐn)度和特异性,但是整体准确(què)度仍然差强人意,因此临(lín)床需(xū)要更加准确(què)的方(fāng)法。另外,我(wǒ)们(men)还在训练组中建立5hmC和不同临(lín)床变(biàn)量的多变量(liàng)组合模型(xíng)进行(háng)评(píng)估(gū),该模型加权(quán)平均分的AUC要明显(xiǎn)大于(yú)传统临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权(quán)平均分进行结(jié)合(hé),AUC也将进一步提高。因此,该多(duō)变量(liàng)模型表明加权平均分可作为一个独(dú)立的(de)指(zhǐ)标用于监(jiān)测2型糖尿(niào)病血管并发症。
信号通路分析和功能探究 有(yǒu)并发症(zhèng)和无并发症(zhèng)病(bìng)人(rén)的135个(gè)差异候选基因的功能注释分析(xī)表明,这些(xiē)基因主要(yào)富集在一些(xiē)经典的信号(hào)通路。错(cuò)误发现(xiàn)率相关P值位于前10%和基因数目≥3的(de)信号通路包括(kuò)由IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所(suǒ)介导(dǎo)的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的(de)信(xìn)号通(tōng)路与胰岛素(sù)抵抗及(jí)炎症反应相关(guān),在(zài)血管生物学和糖尿病发生发(fā)展(zhǎn)过(guò)程中发挥重要(yào)作用。 Reactome相互作用网络的中心表明,泛素编码基因(yīn)[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基核糖体蛋(dàn)白融合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和(hé)TBCC)的重要连(lián)接者(zhě)。在(zài)这135个(gè)差异候(hòu)选基因中, 一(yī)些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现(xiàn)出与糖尿病(bìng)病程相关的(de)倾向(xiàng),表明5hmC和糖尿病(bìng)血(xuè)管并发症之间(jiān)可能存在时间依(yī)赖性的相互作用。基于纵向(xiàng)时间队列的大样本研究,将可进一步明确5hmC变(biàn)化(huà)和(hé)糖(táng)尿病持续时(shí)间之间(jiān)的动态关联。关于单一并(bìng)发症(zhèng)和多种并发症病人的159个候选标志基(jī)因的(de)功能注释(shì)研究发现,存(cún)在(zài)细胞-细胞连接、胶原蛋(dàn)白形(xíng)成、新陈代(dài)谢、细胞应激应答(dá)信号通路的富集(jí),这些信号通路均与细胞基本功能密切相关(guān)。 研究意(yì)义 血管(guǎn)并(bìng)发症是三分之二(èr)糖(táng)尿病病人的死(sǐ)亡原(yuán)因,若能(néng)及早有效(xiào)控制(zhì)血管并发症的发生(shēng),将极大地(dì)改善糖尿(niào)病(bìng)病人的生(shēng)存质量。该研究建(jiàn)立了一种利用(yòng)cfDNA进(jìn)行2型(xíng)糖尿病血管并发(fā)症监测的无(wú)创便捷方(fāng)法,较目(mù)前(qián)临床(chuáng)标志物(wù)能(néng)更准确地(dì)监控血(xuè)管并发症的发(fā)生(shēng),从而提示(shì)临床(chuáng)及早采取应对措施(shī),有效控制病情(qíng)进(jìn)展。
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